Efectivamente no es lo mismo. Aunque son de la misma familia (los túnidos) son diferenentes especies. El bonito se caracteriza por tener una aleta pectoral más larga y también se diferencia en el peso ya que el atún adulto es muy superior en peso al bonito.
La distinción culinaria más notable es que la carne del bonito es más sabrosa y de textura muy suave, por otra parte, el color del bonito es mucho más blanco que el del resto de los túnidos.
El bonito por su parte dispone de un menor porcentaje de grasa, mientras en el atún claro alcanza el 10% en el bonito se reduce al 6%.